多组学数据整合挖掘与剖析（网络）钻研会2024年
聚会先容
聚会内容 主理方先容
多组学数据整合挖掘与剖析（网络）钻研会2024年宣传图
数据整合挖掘与剖析（网络）钻研会
2024年2月23-25日 腾讯聚会网络聚会室
【靠山先容】
2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。这些项目中大部门都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿，与甲基化相关的有213项，金额8748万，与突变相关的有190项，金额7410万；
若何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。
现在，多组学整合剖析是一个异常热门且创新的偏向。通过多组学整合剖析我们可以加倍速速、准确的找到与研究偏向关联的biomarks。它的焦点原理是期望通过高通量数据，找到所有基因在差异组学水平中的转变并举行剖析，获得要害基因在各个组学都有显著作用。
多组学整合剖析的原始数据泉源有两种：（1）自己采集样本做高通量测序/芯片/质谱等；（2）使用公共数据库中的组学数据（好比TCGA、GEO、EBI、SRA、CGGA、PRIDE等）。
那么我们即便有了异常好的数据，又该怎么办呢？
用什么方式，什么工具？可以获得哪些效果，天生哪些图片呢？
基于这个目的，我们开展了该培训班。通过三天的学习，我们领会多组学整合剖析思绪对项目及文章的辅助，以及实操常见的数据库、在线工具和内陆软件。使得学员可以自己完成一个完整的剖析讲述并获得疾病相关的靶标基因。
【主要内容】详细内容见下文日程表
- 多组学剖析常用数据库；
- 多组学剖析常用软件和工具；
- 教授对应的图片制作方式（包罗但不限于聚类热图、火山图、富集剖析图、Venn图、pathwaymap）
【聚会预期】
通过两天两晚的学习，领会多组学整合剖析思绪对项目及文章的辅助，以及实操常见的数据库、在线工具和内陆软件。使得学员可以自己完成一个完整的剖析讲述并获得疾病相关的靶标基因。
【讲师简介】
宋伟博士
功效：介入完成了近百篇软件著作权和发现专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨血瘤、胃癌等数据库的剖析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究偏向：有近十年的生信剖析履历，善于偏向有转录组测序剖析、芯片数据剖析、疾病机理研究剖析、疾病预后与基因关联剖析、项目剖析思绪设计以及个性化剖析等，醒目perl、R等编程语言。
培训履历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等都会举行过几十场培训班。
主理方：上海统循会务咨询有限公司
聚会时间：2024年2月23-25日
聚会地址：线上：腾讯聚会网络聚会室
通过腾讯聚会直播
收费尺度：会务费：线上：3200元/人；
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习质料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人会务费！
可以开正规会务发票，纸质约请函（盖红章）。
注重事项：必须携带win10以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
【聚会日程】
时间放置 |
课程表 |
先容 |
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第一天晚上 |
19:00~21:00 |
第1节：组学简介及生信概述 |
近年国自然中组学相关项目解读 |
组学原始数据的泉源及质量判断 |
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高通量：测序及芯片先容——差异组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 |
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文献案例解读 |
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21:00~22：00 |
第2节：软件安装 R包安装 |
R简介及R包安装 R基础解说 R函数 R包 |
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第二天及晚上 |
8:30~ 10:30 |
第3节：组学公共数据库 |
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)及数据下载 |
GEO数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 |
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EBI数据库的高通量数据查找、筛选、数据下载 |
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GEO2R工具使用 |
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10:45~12:00 |
第4节：转录组差异基因筛选及功效富集剖析 |
盘算差异基因 -R limma包 或Excel公式 |
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主身分剖析（PCA)图制作 |
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聚类热图（heatmap）的制作——R pheatmap包 |
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火山图（volcanoPlot）——R ggplot2包 或 Excel制作 |
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箱式图（代码 或无代码制作） |
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R clusterProfiler包富集剖析 |
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基因/卵白功效富集剖析——DAVID工具 |
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功效富集剖析 柱状图、条形图、气泡图、饼状图的R代码及Excel制作 |
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13:30~17:30 |
第5节：多组学数据与临床预后剖析 |
基因突变剖析工具——cbioportal |
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在线预后剖析工具——Ualcan |
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内陆天生KM曲线图——R survival包 |
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相关性剖析及散点图制作 |
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19:00~22:00 |
第6节：转录组与卵白组整合剖析 |
Venn 图制作 |
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卵白与卵白互作关系展望——STRING工具 |
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网络图构建与美化——cytoscape软件 |
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转录组与卵白组整合关联剖析思绪文章实现 |
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第三天 |
8:30~10:00 |
第7节：卵白组与代谢组整合剖析 |
代谢物功效富集剖析——metaboanalyst工具 |
KEGG 数据库先容及使用 |
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pathway map制作 |
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卵白组与代谢组整合剖析思绪文章实现 |
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10:15~12:00 |
第8节：全转录组整合剖析 |
种种RNA简介及ceRNA先容 |
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miRNA测序讲述解读 |
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circRNA测序讲述解读 |
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miRNA剖析工具 |
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lncRNA剖析工具 |
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13:30~15:30 |
第9节：其他组学整合思绪 |
肠道菌群宏基因组与代谢组 |
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表观组与转录组整合 |
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15:45-16:00 |
总结 |
总结及答疑 |
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通过本次钻研会，您将学会以下作图:
示例图 通路富集剖析效果图
示例图 聚类热图剖析
示例图 网络图
示例图 pathway map图
示例图 要害基因的KM生计曲线图
示例图 柱状图与venn图
示例图 相关性散点图
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