临床生信公共数据库数据挖掘与可视化及文章套路钻研会2024年2月线上班
聚会先容
聚会内容 主理方先容
临床生信公共数据库数据挖掘与可视化及文章套路钻研会2024年2月线上班宣传图
公共数据库与可视化及文章套路钻研会
2024年2月2-4日 腾讯网络聚会
靠山简介：
随着后基因组时代生信剖析方式的不停完善和创新，临床与生信的关联越来越亲热。我们可以通过高通量数据快速、准确、创新的筛选到自己课题偏向相关的要害靶标以及机制。高通量数据泉源普遍，总体分成两类：（1）采集样本举行测序（自有数据）；（2）公共数据库中免费下载高通量数据。
公共数据库的数据样本量大，免费而且选择局限广。常见的数据库有TCGA数据库和NCBI GEO数据库，内里含有大量的差异研究偏向的样本高通量数据。
癌症是临床医学中异常主要的疾病偏向。TCGA数据库中包罗了常见了40种癌症偏向的高通量数据及临床信息。人人对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增添！另外，其他疾病的研究可以通过GEO数据库举行。
本次培训不仅仅要人人领会多种差其余生信剖析思绪，学会TCGA & GEO数据库的基础操作，好比 数据筛选，下载，差异剖析，功效通路剖析，预后剖析等等，尚有庞大的预后模子构建筛选风险基因的实操内容。可以说是基础剖析与高级剖析并存。
培训班针对生信0基础的学员举行教学，包教包会。
讲师简介：宋伟博士
功效：介入完成了近百篇软件著作权和发现专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨血瘤、胃癌等数据库的剖析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究偏向：有近十年的生信剖析履历，善于偏向有转录组测序剖析、芯片数据剖析、疾病机理研究剖析、疾病预后与基因关联剖析、项目剖析思绪设计以及个性化剖析等，醒目perl、R等编程语言。
培训履历：在上海、北京、广州、沈阳、南京等都会举行过几十场培训班。
主理方：上海统循会务咨询有限公司
聚会时间：2024年2月2-4日（2天1晚）
第1天 晚上19:00-22:00（线上）
第2、3天 日间9:00-18:00
聚会地址：线上：腾讯网络聚会室
会务用度：3200元/人
优惠政策：
1.提前确认报名及转账的，可以提前拿到学习质料
2.三人组团报名，每人优惠100元
3.四人组团报名，每人优惠200元，
4.六人组团报名缴费，可免1人参会费！
可以开正规会务发票，纸质约请函（盖红章）。
注重事项：使用win7以上系统的电脑，现场不得录音录像。上课软件为Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio。
另外需安装腾讯聚会软件。
详细日程参见日程表
TCGA&GEO数据剖析及癌症预后模子构建靶标筛选日程 |
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时间放置 |
纲要 |
详细内容 |
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第一天 晚上 |
19:00~20:30 |
生信与临床关联，以及文献解读 |
生物信息先容，与临床的亲热关联； 国自然前期基础研究中生信的作用。 |
高通量：测序及芯片先容——差异组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。 |
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经典生信SCI文章的解读，领会TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思绪。 |
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20:45-22:00 |
R语言学习 |
R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。 R语言基础：元素、向量、矩阵、数组 R语言函数：盘算函数、统计函数等 R语言路径确认及修改 R语言文件（图、表）的导入和导出 R语言包：常见R包的下载安装方式 |
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第二天 |
9:00~ 10:20 |
TCGA数据库 NCBI GEO数据库 |
TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) TCGA数据库的先容和使用（包罗了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） GEO数据库先容： 数据量最大的高通量公共数据库。 GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异剖析等。 |
茶歇 |
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10:30~12:00 |
TCGA相关的下载工具 |
TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载 |
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午饭休息 |
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13:30~15:20 |
差异剖析及作图 |
GEO2R工具 R语言：差异剖析limma包使用、火山图制作 |
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茶歇 |
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15:30~17:30 |
数据的后续高级剖析工具实战 |
聚类热图制作 R语言pheatmap包做聚类热图 DAVID功效富集剖析——GO富集和KEGG pathway富集剖析 |
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第三天 |
9:00~ 10:20 |
卵白互作剖析及网络图构建美化 |
卵白与卵白互作剖析（PPI）——STRING数据库 |
cytoscape软件 ：网络图构建及网络拓补学剖析 筛选要害hub基因 |
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茶歇 |
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10:30~12:00 |
癌症预后模子构建R语言实操 |
单因素及多因素cox回归剖析 |
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LASSO回归剖析筛选特征因子基因 |
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生计预后风险展望模子效能评估和对照剖析 |
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自力生计预后因素的生计率模子的构建 |
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午饭休息 |
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13:30~15:20 |
TCGA相关的在线剖析工具实操 |
TCGA数据剖析——突变剖析、差异剖析、关联剖析、生计剖析、miRNA调控靶基因剖析等。 Ualcan数据库学习 GEPIA数据库学习 |
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茶歇 |
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15:35~17:00 |
思绪讨论 |
基于GEO数据库多套数据整合（meta）剖析思绪 |
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基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合剖析思绪 |
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基于TCGA的甲基化与转录组整合剖析思绪 |
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基于TCGA的基因组与转录组整合剖析思绪 |
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串讲 |
实操大串讲 |
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备注：讲师基于windows系统解说，请只管使用windows电脑加入 |
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通过本次学习，您可以学会以下作图（包罗但不限于）
示例图 样本表达箱式图
示例图 差异效果展示：火山图与热图
示例图 要害基因的聚类热图
示例图 通路富集剖析效果图
示例图 网络图
示例图 要害基因的KM生计曲线图
示例图 要害基因的突变oncoprint热图
示例图 要害基因的表达箱式图
示例图 venn图
示例图 森林图与lasso回归剖析
示例图 模子验证
示例图 列线图
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